En Humboldt, los jugadores controlan cada uno a un personaje, con el cual seguirán el rumbo del viaje que realizó Alexander von Humboldt por Sudamérica. A lo largo del juego, explorarán regiones desconocidas, representadas por losetas de ubicación. Esto les proporcionará conocimientos de diversa índole. Algunas de estas losetas son territorios que pueden ser estudiados para ganar aún más conocimiento, mientras que otras representan logros que pueden ser completados empleando el conocimiento adquirido, lo cual les proporcionará recompensas y prestigio como científicos. Eventualmente, usando conocimientos acumulados y recompensas, los jugadores podrán escribir tratados y publicar sus hallazgos para obtener aún más prestigio. El juego se divide en cinco etapas de viaje, al final de las cuales el jugador con la mayor cantidad de prestigio ganará el juego.